Para evitar problemas com encoding de caracteres especiais é bom utilizar em suas classes Java código unicode ao invés de letras acentuadas. Abaixo relaciono uma tabela de alguns dos caracteres especiais que mais usamos no dia a dia com seu cógigo unicode:
á = \u00e1
à = \u00e0
â = \u00e2
ã = \u00e3
ä = \u00e4
Á = \u00c1
À = \u00c0
 = \u00c2
à = \u00c3
Ä = \u00c4
é = \u00e9
è = \u00e8
ê = \u00ea
ê = \u00ea
É = \u00c9
È = \u00c8
Ê = \u00ca
Ë = \u00cb
í = \u00ed
ì = \u00ec
î = \u00ee
ï = \u00ef
Í = \u00cd
Ì = \u00cc
Î = \u00ce
Ï = \u00cf
ó = \u00f3
ò = \u00f2
ô = \u00f4
õ = \u00f5
ö = \u00f6
Ó = \u00d3
Ò = \u00d2
Ô = \u00d4
Õ = \u00d5
Ö = \u00d6
ú = \u00fa
ù = \u00f9
û = \u00fb
ü = \u00fc
Ú = \u00da
Ù = \u00d9
Û = \u00db
ç = \u00e7
Ç = \u00c7
ñ = \u00f1
Ñ = \u00d1
& = \u0026
' = \u0027
Para colocar o código Unicode em uma String basta substituir o caracter pelo código. Exemplo: String s = "Programando sem cafe\u00edna";
O código do método que usei para gerar essa tabela está abaixo:
public static String geraCodigoUnicode(char letra) {
String hexa = Integer.toHexString( (int)letra );
String prefix;
if( hexa.length() == 1 ) {
prefix = "\\u000";
} else if( hexa.length() == 2 ) {
prefix = "\\u00";
} else if( hexa.length() == 3 ) {
prefix = "\\u0";
} else {
prefix = "\\u";
}
return prefix + hexa;
}
